После обновления Windows 10 1709 Fall Creators Update (10.0.16299) при выключении компьютера все программы, запущенные в этот момент, "помечаются" для автозапуска при включении. Разработчики сделали это, для "сшивания" выключения и включения компьютера, но в отличии от MacOS, не дали нам возможности отключить этот режим.
Одной из возможностей вернуться к нормальному включению компьютера (то есть запуска только тех программ, которые настроены на это) это вернуться к режиму выключения, оставшемуся от Windows XP: вы переключаетесь на рабочий стол (например, флаг+D) и выключаете Windows как программу Alt+F4.